藝專期間開始廣泛接觸電影，並嘗試8釐米短片創作，畢業後更有多部16釐米影片作品，且多次受到國內金穗獎肯定。1992年第一次拍攝紀錄片《廖瓊枝》，1995-2000年長期投入第二部紀錄片《台灣魔朵》的製作，以人體模特兒為主題；並於1999-2000年參與《流離島影》計畫，和另外11位導演聯合拍製台灣離島，黃庭輔回到金門完成了《03：04》這一部風格明顯轉變的實驗性作品，2001-2002年更在紀錄龍山寺的《指月記》一片中全面發揮此一主題形式，獲得諸多國內外電影獎項；2004-2006年紀錄台灣檳榔西施的作品《黃屋手記》，大膽挑戰紀錄片倫理道德界線，以監視器般的畫面，傳達了檳榔西施工作與生活的諸多面向。雖受到不少質疑，但也再次引起國內外迴響；目前黃庭輔仍持續關注金門，定時前去拍攝已有半年之久，下一部作品將是有關當地居民的紀錄。
人在某些狀態底下生活的樣貌一直是黃庭輔關注的焦點，人是被動地接受宿命或者是主動地選擇，也一直是他想要探討的問題。此外，在電影資料館工作的經驗使黃庭輔對於影音資料的保存特別重視，並且樂於推廣台灣過去累積的的紀錄片遺產，2007年策劃《台灣當代影像：從紀實到實驗》套裝紀錄片和專書出版，即對一般民眾及學長專家在熟悉認識或研究發展台灣紀錄片歷史上產生推波助瀾的效果。
歷年作品
1988 《515檔案》The May 15th Archive
1989 《鏡子》Mirror
1990 《碗》Bowl
1991 《人算》Calculations
1992 《結婚照》Wedding Portrait
1993 《台灣第一苦旦－廖瓊枝》Liao Qiongzhi－Taiwan's First Kudan
2000 《台灣魔朵》Modeling Taiwan
2000 《03：04》03：04
2002 《指月記》NAIL
2006 《黃屋手記》Yellow Box
2006 《短歌行》Tanka